W efekcie zastosowania tej stawki nie występuje obowiązek naliczenia podatku VAT przez dokonującego dostawę towarów lub świadczącego usługę. Zastosowanie stawki zerowej jest często błędnie utożsamiane ze zwolnieniem towaru lub usługi od podatku VAT. Różnica pomiędzy "byciem zwolnionym od VAT" a "stosującym stawkę zerową" także wykracza poza sferę podatku od towarów i usług i w bardzo istotny sposób wpływa na wysokość kosztów uzyskania przychodu. Podatnik zwolniony od podatku, co do zasady - chociaż i tu są wyjątki określone w art. 86 ust. 1 i 9 ustawy o podatku od towarów i usług - nie ma prawa do pomniejszenia podatku należnego o naliczony, bowiem w przypadku sprzedaży zwolnionej nie występuje kategoria podatku należnego. Podatek naliczony przy zakupie towarów i usług jest więc dla niego kosztem uzyskania przychodu.